根據親本雜合、純合情況選擇分離群體類型：

（一）親本雜合的物種，如林木、水產、果樹等異花授粉、蟲媒、風媒授粉、雌雄異體物種，一般采用F1。

（二）親本純合物種，如水稻、豆類等自花授粉，分離群體可用F2、BC、RIL、DH、巢式群體等。

兩個親本推10-20×，子代測序深度看物種基因組組裝程度，如果組裝結果不好的話，大部分片段都比較短，可能最后會影響遺傳圖譜的結果，推薦測序深度3X以上，如果基因組裝到染色體水平或者N50達到Mb級別測1×就可以了。

需要，9311基因組雖然出來，但是9311有很多不同類型的突變，比如有的有芒，有的無芒，建議老師測，但是測序深度可以稍微降低。

大部分QTL定位方法只是要求表型數(shù)據中的隨機誤差項服從正態(tài)分布，并沒有要求表型數(shù)據滿足正態(tài)分布。數(shù)量性狀只有在多基因假說下才真正符合正態(tài)分布，表型數(shù)據的非正態(tài)性并不影響QTL定位。

包含偏分離不顯著的標記，顯著偏分離的標記會被過濾掉。偏分離是自然界非常普遍存在的現(xiàn)象，并被認為是生物進化的動力之一。產生偏分離的原因主要有兩個方面：配子選擇和合子選擇，其中配子選擇主要包括花粉致死、花粉管競爭和選擇性受精。除了上述原因以外，環(huán)境因素、非同源重組、基因轉換、轉座因子、轉基因沉默、體外孤雄生殖過程中的選擇壓、非整倍體或不穩(wěn)定易位造成的染色體不穩(wěn)定等都有可能是導致偏分離。

通過共線性分析，將遺傳圖譜上的標記與初步組裝得到的scaffold進行比對，統(tǒng)計不同scaffold上的標記數(shù)目，得到不同連鎖群上被錨定的scaffold信息，一個scaffold上如果錨定兩個以上的標記，該scaffold的位置和方向均可以被定位到染色體水平。只有1個標記則只能定位到位置，方向不能確定。如果沒有錨定到標記，則該scaffold仍然不能被定位到染色體水平，說明該scaffold多態(tài)性可能較差，需要構建更加精細的遺傳圖譜。

判斷標記是否偏分離是采用的卡方檢驗，卡方檢驗的顯著性P值越小，越證明該標記偏分離嚴重，因此P值小于0.001的標記要少于P值小于0.01的標記的數(shù)量。在進行過濾的時候如果按照P值<0.001過濾，剩余的標記會更多，因此是比較寬松的過濾標準，反之，按照P值<0.01過濾，會過濾掉更多的標記，是更為嚴格的過濾標準。

取F2的葉片，F(xiàn)2:3家系的表型平均值作為F2的表型，群體要隨機取樣（F2:3家系是指F2代群體中，每個F2代植株自交又產生的各自的F3群體組成的群體，這個F3是與上一代F2所對應的，所以也稱為F2:3家系，他們是不能混在一起的，混在一起就叫F3了，而不是F2:3。這種群體主要是用于初步定位的，對于單顯性基因控制的質量性狀定位效果很好。）

無需建立BAC庫，親本重測序可以獲得QTL區(qū)域的基因序列，進行基因預測和后續(xù)標記開發(fā)轉基因驗證等工作。

1）表達數(shù)量性狀基因座（expression Quantitative Trait Loci,eQTL）是指的是染色體上一些能特定調控mRNA和蛋白質表達水平的區(qū)域，其mRNA/蛋白質的表達水平量與數(shù)量性狀成比例關系，將各基因型的表達數(shù)據作為一個數(shù)量性狀，利用傳統(tǒng)的QTL分析方法進行分析。eQTL可分為順式作用eQTL和反式作用eQTL，順式作用eQTL就是某個基因的eQTL定位到該基因所在的基因組區(qū)域，表明可能是該基因本身的差別引起的mRNA水平變化；反式作用eQTL是指某個基因的eQTL定位到其他基因組區(qū)域，表明其他基因的差別控制該基因mRNA水平的差異。

2）基于轉錄組測序的關聯(lián)分析是從SNP關聯(lián)分析與GEM關聯(lián)分析兩個水平實現(xiàn)的，開發(fā)的SNP位于基因編碼區(qū)域，SNP與基因(或Unigene)所屬關系是已知，加上基因表達水平的關聯(lián)分析就能夠實現(xiàn)功能基因的精細定位。

主要有四款：R-qtl、MapQTL、WinQTLcart和ICiMapping。

這是由于標記的子代分型依賴于親本的分型造成的。遺傳圖中每一個標記的子代分型首先要根據親本的分型來進行分型判斷，因此親本分型的準確性就很重要，是依靠高深度的測序來確保親本分型的準確性，因此在測序的時候要比子代的測得多。