2019年12月5日，國際知名期刊Nature Communications （《自然·通訊》）在線發(fā)表了由華中師范大學(xué)與北京百邁客生物科技有限公司共同合作文章“Genomic and transcriptomic insights into molecular basis of sexually dimorphic nuptial spines in Leptobrachium leishanense”。華中師范大學(xué)生科院吳華教授為本文通訊作者，華中師范大學(xué)生科院李軍博士為論文的第一作者，百邁客生物科技作為第二單位共同參與研究。本研究借助二代、三代PacBio和HiC技術(shù)組裝了我國特有物種雷山髭蟾（Leptobrachium Leishanense）高質(zhì)量基因組，通過比較基因組學(xué)分析及雌雄個體不同發(fā)育時(shí)期的有參轉(zhuǎn)錄組分析鑒定了一系列與角質(zhì)刺性二態(tài)發(fā)育相關(guān)的生物學(xué)通路和關(guān)鍵基因。研究成果首次較全面地解析了兩棲動物性二態(tài)形成相關(guān)的重要生物學(xué)通路以及關(guān)鍵基因，彌補(bǔ)了相關(guān)研究的不足。該成果不僅為兩棲動物基因組數(shù)據(jù)庫提供了高質(zhì)量的參考基因組，而且對于深入理解脊椎動物性二態(tài)形成及調(diào)控的分子機(jī)制具有重要意義。
研究背景
在雌雄異體的有性生物中，兩性之間在體型大小、形態(tài)結(jié)構(gòu)和功能等方面存在明顯差異的現(xiàn)象稱為性二態(tài)（Sexual dimorphism）。自然界普遍存在的性二態(tài)（如劍尾魚的劍狀尾和獅子的鬃毛等）一直是進(jìn)化生物學(xué)家關(guān)注的熱點(diǎn)問題。兩棲動物具有豐富的性二態(tài)特征，繁殖期的雄性雷山髭蟾在上頜的皮膚形成角質(zhì)刺，類似于人類的“胡子”，因此又被稱為“胡子蟾”，繁殖期過后，角質(zhì)刺外殼會脫落，而雌性則沒有這種特征。由于除了性染色體上的基因外，大多數(shù)的基因組在雄性和雌性之間是共享的，所以性二態(tài)往往是由基因在性別間差異性表達(dá)引起的。由于缺乏參考基因組，很少有研究能夠?qū)⑿詣e差異表達(dá)模式與特定的性二態(tài)特征聯(lián)系起來，與性二態(tài)性狀相關(guān)的重要生物學(xué)過程和關(guān)鍵基因也一直難以破解。本文成功的建立了一個具有代表性的鋤足蟾亞目基因組，并對其皮膚來源的性二態(tài)性狀進(jìn)行了分子基礎(chǔ)的研究。
研究材料
基因組（Illumina、PacBio測序）：成熟雄性雷山髭蟾肌肉組織
HiC：成熟雄性雷山髭蟾全血
轉(zhuǎn)錄組基因預(yù)測：腦、精巢、肝、心、腎、脾、肌肉、上頜皮膚（MS）、背部皮膚（DS）
轉(zhuǎn)錄組學(xué)分析：亞成年期、繁殖期、繁殖后期雌性及雄性的上頜皮膚、背部皮膚、腦、性腺組織（圖1）
qPCR驗(yàn)證：雌性及雄性繁殖期上頜皮膚、背部皮膚。
圖1 雷山髭蟾雌雄外形特征及取樣示例
分析內(nèi)容
主要結(jié)果
k-mer分布估計(jì)基因組大小為3.56 Gb（k=21，圖2）。通過PacBio（~80×）+Illumina（~50X）+Hi-C（~44X）技術(shù)組裝出3.54 Gb基因組，并將3.31 Gb（92.9%）基因序列定位到13條染色體上，contig N50為1.93 Mb，scaffold N50為395 Mb（表1，圖3）。CEGMA評估顯示組裝基因組中包含的保守基因占97.2%，BUSCO評估顯示組裝基因組中完整基因數(shù)占97.2%，表明組裝的基因組具有較高的完整性。雷山髭蟾具有77.1%（2.73Gb）的重復(fù)序列，高于大多數(shù)已完成測序的無尾目物種（表1）。本次研究獲得了鋤足蟾亞目代表性物種染色體水平基因組的組裝。
圖2 k-mer分布圖
圖3 Hi-C交互信號
表1 雷山髭蟾與其它無尾目物種基因組比較
通過基因組共線性研究雷山髭蟾L. leishanense和熱帶爪蟾?X. tropicalis的基因組結(jié)構(gòu)特征。結(jié)果表明，兩個物種之間存在著大量的染色體共線性（圖4 b）。L. leishanense染色體數(shù)目是13，而?X. tropicalis的染色體數(shù)目是10，這種差異是源于L. leishanense的染色體分裂。X. tropicalis染色體（Xtr）4、7和8上的同源共線性區(qū)段分布在L. leishanense基因組中的兩個獨(dú)立染色體上（分別為Lle8+10、6+11和9+13）。在L. leishanense的基因組中，346個共線性區(qū)段中有179個倒位。經(jīng)PacBio reads驗(yàn)證，X. tropicalis的Xtr2、3、6、9、10等7個區(qū)域（502 Kb-5.9 Mb）易位到與相應(yīng)同源染色體不同的L. leishanense染色體上（圖5）。
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圖4? 雷山髭蟾與其它無尾目物種基因組比較
圖5 HiC互作信號鑒定雷山髭蟾染色體倒位
通過單拷貝直系同源基因進(jìn)行進(jìn)化樹的構(gòu)建，七個無尾目物種最近的共同祖先（MRCA）估計(jì)發(fā)生在2.101億年前（176.2-248.8 Ma），L. leishanense與新蛙亞目的物種在約185.9 Ma發(fā)生分化（圖6）。與MRCA相比，L. leishanense共有107個基因家族顯著擴(kuò)張（圖6），擴(kuò)張家族的基因主要富集于信號反應(yīng)類型，包括嗅覺、刺激反應(yīng)和信號轉(zhuǎn)導(dǎo)。與細(xì)胞增殖、凋亡和存活等多種細(xì)胞功能的調(diào)節(jié)和對細(xì)胞外刺激的反應(yīng)中起重要作用的PI3K-Akt信號通路在L. leishanense中顯著擴(kuò)張。與免疫反應(yīng)相關(guān)生物過程相關(guān)基因發(fā)生顯著且特異性的擴(kuò)張。還需要進(jìn)一步的分析和實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)來探討其生境適應(yīng)與免疫應(yīng)答相關(guān)基因擴(kuò)張的關(guān)系。
圖6?無尾目動物比較基因組分析
圖7 角蛋白基因家族的基因組分布和表達(dá)模式
為了研究L.leishanense中與角質(zhì)刺性二態(tài)相關(guān)的生物學(xué)過程，研究人員對MS的轉(zhuǎn)錄組進(jìn)行了兩種性別和三個發(fā)育階段的測序（表2）。同時(shí)對兩種性別和三個階段的DS轉(zhuǎn)錄本作為對照。對于每個發(fā)育階段，進(jìn)行了三組獨(dú)立比較（圖1）：（1）雄性和雌性MS的比較；（2）雄性MS與DS的比較；（3）雌性MS與DS的比較。確定差異表達(dá)基因（DEGs），并進(jìn)行了GO和KEGG的富集，以檢查基本的生物學(xué)過程和途徑。
表2?轉(zhuǎn)錄組分析組織代號
亞成年期(A)，雄性MS和DS之間的差異表達(dá)基因（DEGs）主要參與轉(zhuǎn)錄調(diào)控過程和骨骼發(fā)育相關(guān)過程，而在雌性中類似的生物學(xué)過程沒有發(fā)生富集繁殖期(B)，兩性MS中差異表達(dá)基因大多富集在激素活性和上皮細(xì)胞分化過程，雄性MS和DS之間的DEGs也有類似的生物過程富集，但在相同的雌性比較中卻沒有；繁殖后期(C)，雄性MS和DS的DEGs在含有多個編碼胰蛋白酶和組織蛋白酶基因的蛋白水解過程中顯著富集，可能是通過蛋白水解過程來引起角質(zhì)刺脫落。
圖8?雷山髭蟾中與角質(zhì)刺產(chǎn)生相關(guān)顯著富集的生物過程
為了探討L.?leishanense中角質(zhì)刺的激素調(diào)節(jié)，研究者對來自大腦和性腺的轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)進(jìn)行了測序（表2）。研究發(fā)現(xiàn)B期雄性和雌性之間的DEGs（BM3-BF3）和A期和B期雄性之間的DEGs（AM3-BM3）中的神經(jīng)活性配體-受體相互作用途徑顯著富集，在這些基因中，LH（黃體生成素）和FSH（卵泡刺激素）編碼肽激素，通過血液進(jìn)入性腺刺激類固醇激素的合成（圖9）。相關(guān)基因的表達(dá)表明雄性在繁殖季節(jié)中下丘腦-垂體-性腺軸的激活。雄性精巢在不同時(shí)期的類固醇激素生物合成途徑顯著豐富。在這條途徑中，編碼參與性類固醇生物合成的酶的基因在B期雄性精巢中高度表達(dá)（圖9），表明B期雄性精巢中雄激素（睪酮和5α-DHT）生物合成水平較高。
除了性腺外，皮膚是主要的非經(jīng)典組織，通過功能性活性酶的表達(dá)促進(jìn)類固醇生成。在L. leishanense中，雄性和雌性MS之間的DEG也在類固醇生物合成過程中顯著富集。這些酶的高表達(dá)表明雄性MS中雄激素C19類固醇的積累。然而，單靠雄激素不足以支持雄性的性二態(tài)特征，其他激素也起著關(guān)鍵作用。研究發(fā)現(xiàn)，甲狀腺激素（TH），催乳素（PRL）和松弛素（RLN）可能參與調(diào)節(jié)過程?！凹谞钕偌に剞D(zhuǎn)運(yùn)（thyroid hormone transport）”在BM2–BF2和BM1-BM2的DEGs中高度富集（圖8）。
圖9?腦和性腺成對比較中顯著富集的激素相關(guān)途通路
圖10 WGCNA分析基因共表達(dá)模塊和網(wǎng)絡(luò)
小結(jié)
本文以雷山髭蟾為研究對象，建立了一個具有代表性的鋤足蟾亞目基因組。這項(xiàng)研究不僅提供了一個高質(zhì)量的兩棲動物基因組，并揭示了雷山髭蟾角質(zhì)刺產(chǎn)生的分子基礎(chǔ)。對于深入理解脊椎動物性二態(tài)形成及調(diào)控的分子機(jī)制具有重要意義，類似的分子調(diào)控模式也為今后兩棲動物皮膚起源的性二態(tài)研究提供指導(dǎo)。
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